開校の平成９年度に制定された。デザインは当時の一年生の原画を当時の美術講師がアレンジした。

みなみ野地区は歴史ある片倉城趾の西側の丘陵に位置し、八王子ニュータウンとして新しい街づくりのために造成された。校章はみなみ野の頭文字Ｍを図案化した。このＭはみなみ野の山々も表現している。図案中央にこの地に自生するカタクリの花を配し、自然の美しさを大切にする心と自然と共生しようという願いが込められている。みなみ野の山々に囲まれながら自生するカタクリの花のように地域に根差した教育を目指すシンボルとしてあらわされている。